Select Page

그렇지 않으면 소스를 다운로드하고 컴파일 할 수 있습니다 samtools 정렬 (#129)와 오류를 수정했습니다. GRCh38(#123)에 대한 다운로드 링크가 업데이트되었습니다. README 마크다운 서식(#70)을 수정했습니다. @jmarshall 수집된 끌어오기 요청을 통해 여러 문제를 해결#139. 탭(#84)에서 -R을 사용할 때 형식이 오용된 SAM 헤더를 피하십시오. 출력 메이트 CIGAR (#138). 농담없이, bwa 및 생물 정보학 도구의 많은 리눅스 코어 라이브러리에 없는, 그건 당신이 apt로 그들을 설치할 수 없습니다 이유. 해당 라이브러리에 없는 도구를 설치하려면 도구의 웹 사이트에서 직접 패키지를 다운로드하고 지침을 따라야합니다. BWA는 GPLv3에 따라 출시됩니다. 최신 소스 코드는 github에서 자유롭게 사용할 수 있습니다. 릴리스된 패키지는 SourceForge에서 다운로드할 수 있습니다. 소스 코드를 얻은 후에는 make를 사용하여 단일 실행 가능한 bwa를 원하는 대상에 컴파일하고 복사하면 됩니다.

BWA를 빌드하는 데 필요한 유일한 종속성은 zlib입니다. 아무 일도 일어나지 않으면 GitHub 데스크톱을 다운로드하고 다시 시도하십시오. 귀하의 응답을 주셔서 감사합니다하지만 명령 후 “tar-xvf bwa-0.7.12.tar.bz2” 메신저 점점 “타르: bwa-0.7.12.tar.bz2: 열 수 없습니다: 이러한 파일 이나 디렉토리 타르: 오류 복구할 수 없습니다: 지금 종료” 이 표시 되 고. 나는 사용할 수있는 최신 버전이었다 bwa-0.7.12.tar.bz2를 다운로드했다. . 자세한 사용법은 소스 코드와 함께 사용할 수 있는 man 페이지에 설명되어 있습니다. man ./bwa.1을 사용하여 터미널에서 맨 페이지를 볼 수 있습니다. 남자 페이지의 HTML 버전은 BWA 웹 사이트에서 찾을 수 있습니다. BWA에 대한 질문이 있는 경우 메일링 리스트에 등록한 다음 bio-bwa-help@sourceforge.net 질문을 보낼 수 있습니다. 또한 BioStar 및 SEQanswers와 같은 포럼에서 질문을 할 수도 있습니다.

이 릴리스는 이전 버전에서 몇 가지 사소한 버그를 수정하고 몇 가지 사소한 기능을 추가합니다. 모든 BWA 알고리즘은 ALT 콘티그가 없는 경우 0.7.12와 동일한 출력을 생성해야 합니다. dsl-hkibng42-5673d7-72:bwa-0.7.17 벤자민$ 설치 사용량: 설치 [-bCcpSv] [-B 접미사] [-f 플래그] [– g 그룹] [-o 소유자] file1 file1 설치 [-bCcpSv] [-B 접미사] [-F 플래그] [-m 모드] [-o 소유자] 파일1 … fileN 디렉토리 설치 -d [-v] [-g 그룹] [-m 모드] [-O 소유자] 디렉토리 … Illumina/454/IonTorrent 페어링 엔드는 ~70bp보다 긴 읽기: 내부적으로 BWA는 모든 참조 시퀀스를 하나의 긴 시퀀스로 연결합니다. 판독은 인접한 두 참조 시퀀스의 접합에 매핑될 수 있다. 이 경우 BWA 역추적은 읽기에 매핑되지 않은(0x4)로 플래그를 지정하지만 위치, CIGAR 및 모든 태그를 볼 수 있습니다. BWA-SW 정렬에도 비슷한 문제가 발생할 수 있습니다.

BWA-MEM에는 이 문제가 없습니다. Li H. (2013) 정렬 시퀀스는 BWA-MEM을 사용하여 서열 읽기, 복제 서열 및 어셈블리 콘티그입니다. arXiv: 1303.3997v2 [q-bio. GN]을 참조하십시오. (BWA-MEM 알고리즘 또는 패스트맵 명령을 사용하거나 전체 BWA 패키지를 인용하려는 경우) 기존 게시물에 응답할 때 댓글 추가/댓글 추가를 사용하여 스레드를 논리적으로 체계적으로 구성하세요. 답변 제출은 원래 질문에 대한 새 답변에 대해서만 해당됩니다. 참고 : 미니맵2는 팩바이오와 나노 포어 읽기 정렬에 대한 BWA-MEM을 대체했습니다. 모든 주요 BWA-MEM 기능을 유지하지만 ~ 50 배 빠르고 다재다능하며 더 정확하며 더 나은 베이스 레벨 정렬을 생성합니다.

짧은 읽기 매핑을 위해 BWA-MEM2의 베타 버전이 출시되었습니다. BWA-MEM2는 BWA-MEM보다 약 2배 빠르며 동일한 정렬에 가까운 출력을 합니다. BWA-MEM은 다양한 오류율(또는 시퀀스 발산)에 대해 ~70bp보다 긴 쿼리 시퀀스에 권장됩니다. 일반적으로 BWA-MEM은 모든 시드가 누락될 가능성이 적기 때문에 쿼리 시퀀스가 길어지는 오류에 더 관대합니다. 위에서 보여 준 바와 같이, 비 기본 설정으로, BWA-MEM은 옥스포드 나노 포어와 함께 작동 시퀀싱 오류 율 20 %. 이 릴리스에서는 기본 정렬보다 낮은 정렬 점수로 분할 정렬의 매핑 품질을 유지하기 위해 옵션 -q를 추가합니다. 옵션 -5도 자동으로 -q를 적용합니다. BWA는 옵션 -5를 사용하지 않는 한 이전 버전과 동일한 선형을 출력합니다. 바이오콘다에서 설치하는 것이 가장 쉬운 경우가 많습니다. 콘다 패키지 관리자를 설치하고 채널을 구성 (https://bioconda.github.io/index.html#set-up-channels) 예.